cobaKabupaten Toba Samosir dibentuk pada Tahun 1998 dari pemekaran Kabupaten Tapanuli Utara sesuai dengan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1998 tentang Pembentukan Dati II Toba Samosir dan Dati II Mandailing Natal di Daerah Tingkat I Sumatera Utara. Kabupaten Toba Samosir diresmikan pada tanggal 9 Maret 1999 sekaligus pelantikan Penjabat Bupati Toba Samosir Drs. Sahala Tampubolon di Kantor Gubernur Sumatera Utara. Setelah peresmian Kabupaten Toba Samosir selanjutnya diikuti dengan pengangkatan Ketua DPRD Sementara yaitu M.P Situmorang. Kemudian dilakukan pemilihan pimpinan DPRD dan terpilih Drh. Unggul Siahaan sebagai Ketua DPRD Kabupaten Toba Samosir dan Wakil Ketua M.A Simanjuntak dan Drs. L.P Sitanggang. Pada Tahun 1999, dilaksanakan pemilihan umum legislatif dengan menetapkan 35 anggota DPRD Kabupaten Toba Samosir. Melalui pemilihan pimpinan DPRD terpilih sebagai Ketua Ir. Bona Tua Sinaga dan Wakil Ketua Sabam Simanjuntak, Drs. Vespasianus Panjaitan dan Letkol W. Nainggolan dengan masa bakti tahun 1999-2004.
Pemilihan Bupati dan Wakil Bupati pertama kali dilaksanakan pada Tahun 2000 oleh Anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Tingkat II (Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 151 Tahun 2000) dengan menetapkan Drs. Sahala Tampubolon sebagai Bupati dan Maripul S. Marpaung, SH Sebagai Wakil Bupati Toba Samosir, masa bakti tahun 2000 – 2005. Pada Tahun 2005 dilaksanakan pemilihan secara langsung oleh rakyat dengan Bupati dan Wakil Bupati terpilih Monang Sitorus dan Mindo Tua Siagian sebagai Bupati dan Wakil Bupati yang kedua, masa bakti tahun 2005- 2010. Dengan berakhirnya masa jabatan Bupati dan Wakil Bupati yang kedua pada Tahun 2010, dilaksanakaan kembali pemilihan umum Kepala Daerah Tingkat Kabupaten. Terpilihnya Pandapotan Kasmin Simanjuntak sebagai Bupati dan Liberty Pasaribu, SH, M.Si sebagai Wakil Bupati di Kabupaten Toba Samosir yang ketiga dengan masa bakti tahun 2010-2015. Bupati Ir. Darwin Siagian dan Wakil Bupati Ir. Hulman Sitorus merupakan Bupati dan Wakil Bupati Kabupaten Toba Samosir yang keempat. Masa bakti bupati keempat tahun 2015-2021. Berakhirnya masa bakti bupati keempat, dilaksankan kembali Pemilihan Kepala Daerah Kabupaten Toba Samosir pada tahun 2021. Bupati terpilih adalah Ir. Poltak Sitorus dan Wakil Bupati terpilih Tonny M. Simanjuntak, SE. Masa bakti Bupati dan Wakil Bupati kelima adalah 2021-2026.
Pada awal pembentukannya, Kabupaten Toba Samosir terdiri dari atas 13 (tiga belas) kecamatan, 5 (lima) kecamatan pembantu, 281 desa dan 19 kelurahan. Seiring berjalannya Pemerintahan di Kabupaten Toba Samosir, terjadi perubahan jumlah kecamatan secara bertahap. Pada awal Tahun 2002 melalui Peraturan Daerah Kabupaten Toba Samosir Nomor 7 Tahun 2002 ditetapkannya 4 (empat) kecamatan pembantu menjadi 4 (empat) kecamatan definitif. Keempat kecamatan tersebut adalah Kecamatan Ajibata, Kecamatan Pintu Pohan Meranti , Kecamatan Uluan, Kecamatan Ronggur Nihuta. Selanjutnya dengan Peraturan Daerah Kabupaten Toba Samosir Nomor 8 Tahun 2002 terbentuklah Kecamatan Borbor yang dimekarkan dari Kecamatan Habinsaran. Peraturan Daerah Nomor 13 Tahun 2003 dibentuk Kecamatan Sitio-Tio pemekaran dari Kecamatan Harian.
Perubahan yang signifikan terhadap Kabupaten Toba Samosir terjadi pada Tahun 2003, dimana terjadi pemekaran Kabupaten Toba Samosir, yaitu menjadi Kabupaten Toba Samosir dan Kabupaten Samosir (meliputi seluruh kecamatan yang ada di Pulau Samosir dan sebagian pinggiran Danau Toba di Daratan Pulau Sumatera) dengan tujuan untuk mempercepat pembangunan guna mengejar ketertinggalan dari daerah lain. Pembentukan Kabupaten Samosir tertuang pada Undang-Undang Nomor 36 Tahun 2003 tentang Pembentukan Kabupaten Samosir dan Kabupaten Serdang Begadai di Provinsi Sumatera Utara. Kabupaten Samosir diresmikan pada tanggal 7 Januari 2004 di Departement Dalam Negeri di Jakarta.
Latar belakang yang mempengaruhi terjadinya pemekaran wilayah kecamatan di Kabupaten Toba Samosir adalah luas wilayah, jarak ke ibukota kabupaten, letak geografis dikaitkan juga dengan kondisi ketertinggalan serta tuntutan masyarakat itu sendiri. Sehingga pada tahun 2004 terjadi pemekaran wilayah kecamatan, yakni terbentuknya Kecamatan Sigumpar yang merupakan pemekaran dari Kecamatan Silaen dengan ditetapkannya Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2004 tentang Pembentukan Kecamatan Sigumpar.
Pada tahun 2008 terjadi pemekaran Kecamatan Parmaksian dari Kecamatan Porsea. Pada tahun yang sama juga terjadi pemekaran kecamatan Bonatua Lunasi dari Kecamatan Lumbanjulu, Kecamatan Porsea dan Kecamatan Uluan. Pemekaran kecamatan ini ditetapkan dengan Peraturan Daerah Nomor 05 Tahun 2008 tentang Pembentukan Kecamatan Parmaksian dan Kecamatan Bonatua Lunasi Kabupaten Toba Samosir. Pada tahun 2008 juga telah dilakukan pemekaran desa sebanyak 20 (dua puluh) desa. Hingga saat ini Kabupaten Toba Samosir terdiri dari 16 (enam belas) kecamatan, 231(dua ratus tiga puluh satu) desa dan 13 (tiga belas) kelurahan
Dimasa pemerintahan Bupati Toba Samosir Ir. Darwin Siagian dan Wakil Bupati Toba Samosir Ir. Hulman Sitorus, MM menindaklanjuti rencana perubahan nama Kabupaten Toba Samosir menjadi Kabupaten Toba. Pada tanggal 24 Februari 2020 Kabupaten Toba Samosir resmi berubah menjadi Kabupaten Toba tertuang pada Peraturan Pemerintah Nomor 14 Tahun 2020 tentang Perubahan Nama Kabupaten Toba Samosir menjadi Kabupaten Toba di Provinsi Sumatera Utara. Peresmian Kabupaten Toba dilaksanakan pada HUT ke XXI Kabupaten Toba Samosir.
Bupati Toba dan Wakil Bupati Toba keempat Ir. Darwin Siagian dan Ir. Hulman Sitorus yang menjabat Tahun 2015-2020 menjalankan roda pemerintahan sesuai dengan visi dan misi mewujudkan tata pemerintahan yang baik dan bersih dengan memastikan kenyamanan PNS dalam memberikan pelayanan kepada rakyat. Misi Bupati dan Wakil Bupati Kabupaten Toba Samosir adalah:
1. Mewujudkan tata pemerintahan yang baik dan bersih, dengan memastikan kenyamanan Pegawai Negeri Sipil dalam memberikan pelayanan kepada rakyat
2. Mewujudkan pembangunan infrastruktur jalan, jembatan dan irigasi serta fasilitas umum lainnya
3. Meningkatkan kualitas pendidikan, memberi insentif khusus kepada guru yang mengabdi di daerah terpencil, demikian di bidang pelayanan kesehatan
4. Menggelorakan semangat pembangunan dari desa ke kota sebagaimana program Presiden R.I Jokowi
5. Memberdayakan masyarakat adat dengan melakukan pendekatan nilai-nilai kearifan lokal, berbasis budaya batak.
6. Menjamin azas keadilan bagi masyarakat (agama, suku, komunitas masyarakat lainnya).
Setelah masa bakti Bupati/Wakil Bupati keempat Kabupaten Toba berakhir Tahun 2020, terpilih Bupati Ir. Poltak Sitorus dan Wakil Bupati Tonny M. Simanjuntak, SE masa bakti tahun 2021- 2026 dengan membawa visi-misi yang dipercayai masyarakat akan membawa dampak besar bagi masyarakat. Visi yang disampaikan Bupati dan Wakil Bupati adalah menciptakan Toba Unggul dan Bersinar, sementara misi yang disampaikan adalah Panca Program yang bertujuan untuk peningkatan di bidang pertanian, pariwisata, perindustrian, pendidikan dan kesehatan.
Adapun misi Bupati/Wakil Bupati Ir. Poltak Sitorus dan Tonny M. Simanjuntak, SE adalah:
1. Infrastruktur yang mantap dan merata
2. Sumber Daya Manusia (SDM) yang unggul dan handal
3. Membangun pertanian dan peternakan makmur dan sejahtera
4. Kesehatan yang prima dan terjangkau
5. Pariwisata yang meriah dan berkah
6. Membangun iman yang terpelihara
7. Menciptakan stabilitas keamanan dan ketertiban
Dalam penerapannya misi tersebut dengan menjungjung prinsip Batak Naraja. Batak Naraja :
1. Marugamo : Marsihaholongan jala marsiurupan (saling mengasihi,bergotong royong)
2. Maradat : Manat elek jala somba (santun)
3. Maruhum : Ndang pajolo gogo papudi uhum (taat hukum)
4. Marparbinotoan : Marbisuk jala pistar (pintar, berhikmat)
menjadikan Toba Dengan Tata Kelola Pemerintahan yang Kreatif, Inovatif, Produktif, dan Tidak Koruptif.
Dalam pelaksanaan pembangunan Pemerintahan Bupati dan wakil Bupati Kabupaten Toba Ir. Poltak Sitorus dan Tonny Simanjuntak, SE telah melakukan pemulihan pada bidang perekonomian, pertanian, kesehatan, pendidikan dan pariwisata, terlihat dengan dibukanya jalan baru dan jalan akses ke desa. Kondisi jalan yang baik sangat mendukung Pariwisata Kabupaten Toba untuk menarik minat para pengunjung berdestinasi ke Kabupaten Toba dan ini mendukung peningkatan perekonomian masyarakat. Peningkatan hasil pertanian juga dapat dilihat dari hasil tanaman jagung dengan bibit unggul jagung dan pertanian lain yang ada di desa. Pemerintah juga berusaha membenahi rumah sakit dan memperbaiki pelayanan kesehatan kepada masyarakat dengan pengobatan gratis di tingkat Kecamatan dan Desa, serta membangun Sumber Daya Manusia yang unggul dengan pendidikan yang baik. Pemerintah berupaya agar dapat menjadikan Toba Unggul dan Bersinar.